Berlatar belakang dari adanya tragedi kemanusiaan di Kota Ambon pada tahun 1999 maka 2 (dua) Tokoh Banda Naira, yakni H. Des Alwi Abubakar sebagai Ketua Yayasan Warisan dan Budaya Banda dan Prof. Dr. H. Hamadi B. Husain sebagai tokoh perintis pendidikan tinggi di Maluku seperti IAIN Ambon dan Universitas Darussalam Ambon melakukan kesepakatan untuk mendirikan Sekolah Tinggi Perikanan Hatta-Sjahrir pada tahun 2001.

Seiring dengan adanya kebutuhan pengembangan pendidikan, lembaga ini kemudian bertransformasi menjadi Universitas Banda Naira yang berkomitmen mencerdaskan kehidupan bangsa di wilayah Maluku dan sekitarnya.