Berlatar belakang dari adanya tragedi kemanusiaan di Kota Ambon pada tahun 1999 maka 2 (dua) Tokoh Banda Naira, yakni H. Des Alwi Abubakar sebagai Ketua Yayasan Warisan dan Budaya Banda dan Prof. Dr. H. Hamadi B. Husain sebagai tokoh perintis pendidikan tinggi di Maluku seperti IAIN Ambon dan Universitas Darrusalam Ambon melakukan kesepakatan untuk mendirikan Sekolah Tinggi Perikanan Hatta-Sjahrir pada tahun 2001 melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 82/D/O/2001 tanggal ……. 2001 dengan membuka 2 (dua) program sarjana, yaitu Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP) dan Budidaya Perairan (BDP). Seiring dengan adanya kebutuhan guru dan tuntutan pendidikan masyarakat maka pada tahun 2007, Yayasan Warisan dan Budaya Banda menambah 3 (tiga) program sarjana pada STKIP Hatta-Sjahrir terdiri atas Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia (PBI), Pendidikan Sejarah (PS) dan Program Studi Pendidikan Matematika (PM) yang mendapat ijin operasional pada tahun 2009 melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 20/D/O/2009 tanggal …….. 2009. Adanya keinginan yang kuat dan kesepakatan yang bulat antara pihak yayasan dan civitas akademika kedua kampusnya didukung oleh surat Plt. Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 637/E.E3/OT/2020 tentang Usul Pendirian dan Perubahan Perguruan Tinggi Swasta serta Pembukaan Program Studi Tahun 2020 sebagai bagian dari pelaksanaan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 07 Tahun 2020 tentang Pendirian, Perubahan, Pembubaran Perguruan Tinggi Negeri, dan Pendirian, Perubahan, Pencabutan Izin Perguruan Tinggi Swasta dengan tujuan untuk meningkatkan mutu, efisiensi dan efektivitas pengelolaan perguruan tinggi. Akhirnya, kedua sekolah tinggi yang dimiliki Yayasan Warisan dan Budaya Banda digabungkan menjadi Universitas Banda Naira (UBN) dengan penambahan 1 (satu) Program Studi Sosial Ekonomi Perikanan (SEP) melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Nomor 502/E/O/2022 tanggal 13 Juli 2022. Oleh karena itu, UBN memiliki dua fakultas dengan enam program studi, yakni Fakultas Perikanan (Faperik) dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) serta fokus pada penguasaan keilmuan yang sesuai dengan letak geografisnya, yaitu: