Segi Lima bermakna seluruh aktivitas akademik maupun non akademik berlandaskan falsafah Negara Kesatuan Republik Indonesia, yaitu Pancasila.
Biru laut merupakan kedalaman ilmu pengetahuan yang menjadi harapan setiap insan akademis di UBN.
Warna putih bermakna ilmu pengetahuan dan teknologi yang dikembangkan di UBN selalu mengacu pada nilai-nilai keislaman.
Buah Pala Terbuka bermakna insan akademis yang berada di UBN harus selalu mengasah pola pikir untuk masa depan yang lebih baik.
Kitab terbuka bermakna ilmu pengetahuan dan teknologi yang ada di mengikuti perkembangan zaman.
Pena daun pala adalah simbol alat untuk mencari, mendalami dan mengembangkan ilmu dengan selalu menjaga nilai kearifan lokal.
Pala merupakan tanaman endemik wilayah Kepulauan Banda dan salah rempah-rempah yang memiliki banyak khasiatnya.
Banda Naira adalah sebuah kota yang dikenal seluruh dunia sebagai pusat perdagangan pala pada Abad XVI.